Gıda intoleransı, gıda alerjisinden daha sık görülür. Gıda intoleransının tetiklediği semptomlar gıda alerjisinin yol açtığı bulgulara çok benzediğinden başlangıçta ayırıcı tanı güçlükle yapılabilir.
Belirtiler genellikle geç ortaya çıktığından reaksiyona yol açan gıda içeriğini tanımlamak güç olabilir. Gıda alerjisinde ise gıdaya karşı hızla reaksiyon oluştuğundan erken tanı rahatlıkla konulabilir.
Gıda alerjisinde genellikle bir veya iki yiyeceğe karşı alerji oluşur, oysa gıda intoleransında farklı kimyasallara karşı farmakolojik reaksiyonlar gelişebilir.
Gıda intoleransında ortaya çıkan belirtilerin şiddeti doza bağımlıdır. Farmakolojik reaksiyona yol açan gıdaların sürekli tüketimi vücutta doz birikimine ve bulguların ortaya çıkmasına neden olur. Besin maddelerinin normal alınım ve sindirim şeklinin bozulması bütün vücudu etkiler.
Kişiye özgü farklı şikayetler ortaya çıkabilir. Cilt kızarıklığı, baş ağrısı, sırt ağrısı, astım, hiperaktivite, davranış bozuklukları gibi çok sayıda mide veya sindirimle ilişkili olmayan belirtiler görülebilir.