Çölyak hastaları buğday, arpa, çavdar ve yulafta bulunan ve gluten olarak adlandırılan bir proteine tahammül edememektedir. Tanı konulduktan sonraki aşamada uyulması gereken tek tedavi yöntemi ömür boyu glutensiz diyet uygulamak. Gluten içeren tüm besinler diyetten çıkarılır. Bunlar; buğday, çavdar, arpa, yulaf ve unlarından elde edilen besinlerdir (makarna, ekmek gibi). Bazı hastalar laktoz içeren besinleri de tolere edemediği, ishalin şiddetini arttırabileceği için o hastaların diyetlerinden süt ve süt ürünleri de çıkarılmaktadır. Pirinç, mısır, baklagiller, gluteni ayrılmış mısır nişastası, sebze ve meyveler serbesttir.
Çölyaklı hastalar gluten içeren yiyecekler yediklerinde, onların bağışıklık sistemleri bunu ince bağırsaklara zarar vererek yanıtlar. Özellikle çok küçük ve parmak şekline benzeyen, villus olarak adlandırılan ve ince bağırsaktaki emilimi sağlayan yapılar kaybolur (düzleşir ve görevini yapamaz hale gelir). Villuslar olmadan kişi ne kadar yiyecek yerse yesin beslenemez. Vücudun kendi bağışıklık sistemine zarar vermesinden dolayı çölyak hastalığı otoimmün sistem rahatsızlığı (bağışıklık sisteminin yetersiz fonksiyonu) olarak düşünülüyor. Bununla birlikte, yiyeceklerin emilememesinden dolayı sindirim rahatsızlığı olarak da sınıflandırılabiliyor.