Bazı işlemlerde KDV tahsil edilmemekte, bazı işlemlerde de düşük oranda tahsil edilmektedir. KDV tahsil edilmeyen işlemlerin bir kısmında, ihracatta olduğu gibi, mükellefin KDV yükünü taşımaması için, yüklenilen KDV iade edilir. Düşük oranda KDV'ye tabi olan işlemlerde de, eğer girdiler daha yüksek oranda KDV'ye tabi ise mükellef ödediği vergiyi tahsil ettiği vergi ile geri alamaz. Bu nedenle yüklenip de indirilemeyen KDV iade edilir.
Mükellef KDV iadesi isterken vergi daireleri, hem indirilecek KDV listelerini hem vergiden istisna olan veya düşük oranda vergiye tabi olan işlemlerde yüklenilen KDV listesini istiyor. İmalatta her malın üretiminde kullanılacak girdilerin ayrı ayrı alınması gibi bir uygulama olamaz. Örneğin, pantolon üreteceksiniz, 500 metre kumaş, 200 metre astar, vs malzemeleri alıp imalata sokarsınız. Sonuçta belli sayıda, diyelim ki 400 adet pantolon üretirsiniz. Bunlardan 342 tanesini ihraç ederseniz, her pantolon için ayrı bir yüklenilen KDV listesi yapamazsınız. Toplam imalat için yüklenilen içinden ihraç edilenlere düşen payı hesaplarsınız. Bir başka örnek: 36 tane net alanı 150 metrekareden 4 tane de 150 metrekareden büyük daire olan bir apartman inşa ediyorsunuz. Bu inşaatta her daire için kullandığınız her malzemeyi ayrı ayrı almanız mümkün değildir. Kaldı ki, bahçe ve saire gibi ortak yerlere de masraf yapılıyor ve onların da KDV'si var. Diyelim ki, küçük olanlardan 10 daire sattınız. Yüklenilen KDV'yi hesaplamanın yolu maliyetlerin hesaplanması ile aynıdır. Yani toplam KDV imal edilen, inşa edilen mallar arasında bunların özelliklerine göre dağıtılır. İnşaatta bu ölçü alandır.
Ama vergi daireleri bunu kabul etmiyorlar. Satılan malların imalatı dolayısıyla yüklenilen KDV'nin ayrı ayrı listelenmesini istiyorlar. Buradan amaçları da iadesi istenen KDV'nin yüklenilen KDV ile aynı olup olmadığını listeden kontrol etmekmiş.
Malların hepsi aynı ise ve hepsini aynı şekilde ve zamanda sattıysanız sorun yok. Ama örneğimizdeki inşaatta diyelim ki sadece küçük evlerden birkaç tane sattınız. O zaman liste de yapamazsınız, KDV iadesi de alamazsınız. Maliye ya iadeyi tamamen kaldırmalı, mükellef bunu bilerek işi hiç yapmamalı, ya da personelini eğitmeli.