İddianameye göre, Ergenekon terör örgütüne yönelik suçlamalar şöyle:

* Danıştay ve Cumhuriyet gazetesi saldırıları Ergenekon örgütünün eylemi...

* Muzaffer Tekin, Danıştay saldırısı için tetikçi Alpaslan Aslan'a 500 bin dolar önerdi.

* Örgütün TSK ve MİT ile ilgilisi yok.

* Örgüt gazeteci Fehmi Koru ve Orhan Pamuk'a silahlı saldırı planladı.

* Ergenekon örgütü Hizbullah ile bağlantılı.

* Başbakan'ın 4 danışmanının ailelerini fişledi.

* Yargıtay Başkanlığı'nda üst düzey yöneticiye suikast hazırlığı yapılıyordu...

* NATO tesislerine saldırı hazırlığı içindeydiler.

* DTP'li yöneticilere yönelik saldırı hazırlığı var.

* Muzaffer Tekin'in kod adı Zafer.

* Zirve Yayınevi saldırısı da örgütün işi.

* YÖK eski Başkanı Erdoğan Teziç'e saldırı...

* Eskişehir ilinde ele geçirilen bombalardan 3 tanesi Cumhuriyet gazetesine atıldı.

* Ümraniye'de bulunan bombalarının nerede kullanılacağı tespit edilemedi.

* İşçi Partisi TSK'da gizlice örgütlendi.

* Veli Küçük, DHKP/C ile ilişki içerisindeydi. Teröristleri Ergenekon için kullandı.

* Başbakan Erdoğan, Edip Başer'i MİT Müsteşarlığı'na atamak istedi. Ancak Aytaç Yalman ve Hilmi Özkök, söz konusu plana engel oldu.

* Mustafa Duyar cinayetinin planlayıcı ve azmettiricisi de Veli Küçük...

* İşçi Partili Adnan Akfırat, ifadesinde Murat Karayalçın gibi şahısları da Ulusal Kanal bünyesine alarak kanalın Türkiye çapına yayılmasının planlandığını söyledi.

* Doğu Perinçek, Hürriyet Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Ertuğrul Özkök ile gazetenin diğer yöneticilerine mektup yazmış.

* Özdemir Sabancı suikastinin sanıklarının isimleri Aydınlık dergisinin Genel Yayın Yönetmeni Serhan Bolluk'un ajandasında çıktı.

* 21 Aralık 1998'de Çevik Bir liderliğinde Mason Atatürkçüleriyle birlikte yönetime el konulup darbe planları yapıldı.

* Sevgi Erenerol ve Kemal Kerinçsiz ABD Dışişleri Bakanı Rice'ın ziyaretini provoke etmek istedi.

* Perinçek, Denktaş'la Berlin'de katılacağı bir toplantıya hazırlık yapılmasını istedi.

* Ümit Özdağ'ın MHP Genel Başkanı olması için planlar yapıldı.