Örgüt faaliyetlerini ise Ergenekon Başkanlığı'na bağlı olarak 'yurt içi' ve yurt dışı' olmak üzere iki koldan yürüttü. Ergenekon'un yurt içi yapılanması, "askeri", "devlet kurumlarında", "sivil", "mafya" ve "terör örgütü" olmak üzere 5 ana bölüme ayrılıyor.

* Askeri gizli yapılanma: İstihbarat Dairesi, Operasyon Dairesi, Analiz ve Değerlendirme Dairesi, Örgüt içi Araştırma Dairesi

* Devlet içinde gizli yapılanma: Yargı yapılanması, MİT yapılanması, Emniyet yapılanması, Üniversite yapılanması, Devlet kurumlarının yapılanması

* Sivil yapılanma: Teori Tasarım ve Planlama Daire Başkanlığı, Finansman Daire Başkanlığı, Sivil Toplum Kuruluşları Yapılanması, Medya ve İletişim Yapılanması, Özel Güvenlik Şirketleri

* Mafya Yapılanması: Örgütün mafya örgütlerini kontrol altında tutmasını sağlıyor. 'Arnavut Sami' kod adlı Sami Hoştan, 'Reis' kod adlı Sedat Peker, Semih Tufan Gülaltay ve Osman Yıldırım gibi kişilerin vasıtası ile hem yasa dışı yolla gelir elde ediliyor hem de bazı eylemler mafyaya yaptırılıyor.

* Terör (naylon) örgütü yapılanması: Terör örgütlerini kontrol altında tutup, naylon terör örgütleri oluşturarak terör dünyasına yön vermek. Ayrıca PKK ile işbirliği yapılması kararı...

* YURT DIŞI YAPILANMA: Veli Küçük, Sevgi Erenerol, Kemal Kerinçsiz, Kemal Yalçın Alemdaroğlu, Doğu Perinçek, Sedat Peker, Sami Hoştan ve Ferit İlsever örgütün yurt dışı yapılanmasında süreklilik sağlanması için sık sık toplantılara katıldı.