Türkiye'nin gündemine bomba gibi düşen iddianamede örgütün oluşum biçimi de yer aldığı iddia edildi.

* ÜST DÜZEY YÖNETİCİ KADROSU: Ergenekon iki ayrı yapılanmadan oluştu. Biri Ergenekon gizli yapılanması diğeri ise sivil örgütlerin yer aldığı lobi yapılanması oldu. Gizli yapılanmadaki lider kadroyu İlhan Selçuk, Veli Küçük, Doğu Perinçek, 'Zafer' kod adlı Muzaffer Tekin, Kemal Yalçın Alemdaroğlu, 'Paşa' kod adlı M. Fikri Karadağ oluşturdu. İki yapılanma arasında Veli Küçük ile Muzaffer Tekin köprü görevi yaptı.

* AZMETTİRİCİ VELİ KÜÇÜK: Veli Küçük örgütte mafya, sivil toplum, medya, finans ve bürokrasi yapılanmalarını bizzat yönlendirdi. Örgütün karargahı durumunda olan Türk Ortodoks Kilisesi'nde gizli toplantılar düzenledi. Yakın tarihte gerçekleşen kaos ve gerginlik oluşmasına neden olan bir çok faili meçhul cinayeti planladı ve azmettirdi.

* DERNEK ÇATISI ALTINDA İSTİHBARAT VE TETİKÇİ KADRO KURDU: M. Fikri Karadağ, Kuvayı Milliye Derneği adı altında oluşturduğu yapılanma ile ülkede kaos ve çatışma ortamı oluşturacak eylem ve faaliyetler planladı. Bu nedenle dernek çatısı altında istihbarat ve tetikçi kanat birimleri kurdu. Dernek içerisindeki kişilere değişik askeri ünvanlar vererek eylemler için motivasyon sağladı. Karadağ'ın örgüt üyelerine güven duygusu oluşturmak için "Oğlum", "Yavrum", "Yiğidim" olarak hitap etti.

* İLHAN SELÇUK TEORİSYEN: Selçuk, örgütün "Teori Tasarım ve Planlama Daire Başkanı. Gizli yapılanma içerisinde Selçuk, ülkenin her yandan işgal edildiği evham ve hezeyanlar uyandırarak halkı hükümete ve devlete karşı ayaklandırmaya çalıştı. Kemal Alemdaroğlu, İlhan Selçuk'un yardımcılığını yaptı. Yine Selçuk'un yardımcılığını yapan Doğu Perinçek ile birlikte hareket etti.

* ÖĞRETİM GÖREVLİLERİNİ FİŞLEDİLER: Üniversite yapılanmasında Selçuk Üniversitesi'nde Sevgi Erenerol, İstanbul Üniversitesi'nde Ümit Sayın, Fırat Üniversitesi'nde ise İşçi Partili öğretim üyeleri ile ilgili bilgi toplayarak fişleme yaptı. Ümit Sayın, Alemdaroğlu'nun talimatları ile hareket etti. Sayın, örgütün kararlarını irtibat halinde olduğu emekli askerlere verdi. Emin Gürses de üniversite yapılanması içerisinde Alemdaroğlu'nun emrinde çalıştı.

* MUZAFFER TEKİN EYLEMLERİ HAYATA GEÇİRDİ: Örgüt içerisinde planlanan eylem ve suikastleri, Kuvayı Milliye dernekleri çatısı altında bulunan örgüt elemanlarına, tetikçilere ya da mafya gruplarına yaptırtan kişi Muzaffer Tekin. Cumhuriyet gazetesinin bombalanması eyleminin talimatını verdi. Tekin, el bombalarını Ataşehir'de düzenlenen bir toplantıda bizzat kendisi verdi.