Abdullah Gül, Refah Partisi kapatıldıktan sonra arkadaşlarıyla birlikte Fazilet Partisi'ne geçer. 18 Nisan 1999 seçimlerinde Fazilet Partisi'nden üçüncü dönem milletvekili olur. Ancak parti içinde aşanan bazı ayrışmalar, Gül'ü parti liderlerliği yarışı noktasına getirir. Gül, 14 Mayıs 2000 tarihinde yapılan Fazilet Partisi I. Olağan Büyük Kongresi'ne FP Genel Başkan Adayı olarak katılır. Kongreden, 633 oyla Genel Başkan seçilen Recai Kutan'ın karşısında, 521 oy alarak çıkar. Bütün bu kongre sürecini en baştan beri bir "Hayırda Yarış" olarak değerlendiren Abdullah Gül, daha sonra yaşanan süreci şu cümlelerle değerlendirir: "Hayırda Yarış"ın kaybedeni, mağlubu yoktu; önemli olan Fazilet Partisi'nin kazanması ve partinin hakettiği yerlere taşınabilmesiydi."