Her işlemde olduğu gibi laparoskopide de kendine özgü riskler söz konusudur. Operatif ve tanısal laparoskopide ciddi komplikasyonlar nadirdir. Laparoskopi sırasında mesane, idrar yolları, barsaklar, damarlar, rahim gibi organlar yaralanabilir. Bunların bir kısmını laparoskopik yolla tedavi etmek mümkündür, ancak 2-4/1000 oranında acil olarak açık cerrahiye dönmek gerekebilir. Büyük damar yaralanmaları hayatı tehdit edebilir. Laparoskopi sırasında ölüm riski 1-5/100000'dir. Ancak bilinmelidir ki bu risk, hamilelik nedeniyle ölme riskinden daha düşüktür. Karın duvarından sokulan trokar yerlerinde hematom oluşumu ve karın içinde enfeksiyon, meydana gelebilecek diğer komplikasyonlar olarak sayılabillir. Operasyon sonrasında idrar yolu enfeksiyonu, kesi yeri enfeksiyonu, kısa süreli idrar yapma güçlüğü ya da toplar damarlarda tıkanıklık oluşumu görülebilir. Tüm olası komplikasyonlar düşünüldüğünde, 1-2/100 kadında komplikasyon meydana gelir. Bunların çoğu minör (daha az ciddi olan) komplikasyonlardır. Laparoskopi riskini arttıran durumlar nelerdir? Aşırı şişmanlık, önceden geçirilmiş karın ameliyatları veya karın içi enfeksiyonlarının olması, şiddetli yapışıkların açılmaya çalışılması, ileri evre endometriyozis veya endometrioma vakaları, kişide önceden kalp veya akciğer problemlerinin olması, sigara ve alkol bağımlılıkları laparoskopi riskini arttırır. Tecrübeli ve dikkatli ellerde, sorunlar minimale indirilebilecektir.