Anatomik bozukluklar doğuştan olabilir veya sonradan oluşabilir. Bunlar da ayrıca tedavi gerektirebilir. Hatta bunların bir kısmına ilk etapta müdahale etmek gerekir. Örneğin en sık görülen bozukluklardan biri böbrek çıkımı darlığıdır. Bu darlığın holmium lazerle açılarak idrarın böbrekten rahat akışı sağlanmalıdır. Taşın tedavisinden sonra, korunma da şarttır. Çünkü beş yıl içinde hastaların yüzde 60'ında taş tekrar oluşabilir. Korunmanın en basit yolu bol sıvı almaktır. Yalnız hastada yüksek tansiyon da varsa, dikkatli olmak gerekir. Sertlik derecesi az olan su en iyi koruyucudur ama her türlü su hiç içmemekten daha iyidir. Kahve veya kola gibi bazı sıvıların kısıtlanmasında yarar vardır.