İddianamede örgütün, faaliyet yapısı, örgütlenmesi, gelirleri ve amaçlarına yönelik şiddet eğilimlerine yönelik faaliyetleri de yer aldı. İddianameye göre Ergenekon'un örgütlenme yapısı "Nazi" örgütlenişine benzetilirken, kitle imha silah üretimi, hacker yoluyla banka soyma ve kara para aklamak için kargo ticareti yaptığı ifadelerine yer verildi. Bu arada örgütün sivil toplum kuruluşları, medya, mafya ve terör örgütlerini kontrol altına alarak hükümetleri devirip yönetimi ele geçirmeye elverişli ortam sağlamaya çalıştıklarına işaret ediliyor.