Ordunun tutumu dikkatle değerlendiriliyor. Türk ordu yönetimi, 27 Mayıs ve 12 Eylül benzeri bir darbeye yatkın olmadığını göstermektedir. O girişimde bulunanların açığa çıkarılmasına ve o sürecin tamamlanmasına şu ya da bu biçimde destek vermektedir. Siyasete dışarıdan müdahaleci, maceracı eğilimlerin artık ne ordu bünyesinde, ne de toplum nezdinde yaygın destek bulabildiği anlaşılmış oldu. İki emekli orgeneralin Ergenekon soruşturması kapsamında gözaltına alınması karşısında TSK yönetiminin izlediği tutum anlamlıdır. Çünkü böyle bir operasyon, soruşturmayı yürüten savcıları aşan bir devlet mutabakatıyla mümkün olabilir. İlk kez kuvvet komutanı, ordu komutanı rütbesinden emekli olmuş iki subayın darbe girişimi gibi ağır bir suçlamayla tutuklanması söz konusu oldu. Genelkurmay soruşturmaya engel olmamış, yasal sürecin gereğince tamamlanmasını sağlamış, askeri mekânlarda yapılan gözaltılar askeri savcılar gözetiminde yapılmıştı. 5 Ağustos'ta Genelkurmay Başkanlığı'na atanacak Orgeneral İlker Başbuğ'un açıkça ifade ettiği gibi emirkomuta zincirine zarar verilmek istendiği endişesi içinde olan ordu yönetimi, ortalığı daha fazla gerecek bir adım atmak istemiyor. 2003-2004 yıllarını da çok iyi bilen Orgeneral Yaşar Büyükanıt siyasi nitelikte sorulara yanıt vermedi. Bunun elbette bir anlamı var. Konuyu yakından takip eden kaynaklar, "İki emekli orgenerali gözaltına alacaksınız. Genelkurmay bunu bilmeyecek. Elbette savcılık harekete geçince, Genelkurmay'a bilgi verildi. Böyle bir durumda Genelkurmay'ın 'Dokunmayın' demesi hiçbir kurala uymaz. Asker hukuki bir soruşturmayı önlüyor görünümüne girmez" yorumunu yapıyor. Hilmi Özkök'ün, Eruygur'un jandarma komutanı olduğu dönem için "Vardır da demem, yoktur da demem" cevabıyla, zımnen bu girişimleri en üst düzeyde doğrulamış olması önemli gelişmelerdir. Hilmi Özkök Paşa'nın açıklamaları ve muhtemel gelişmeler yakından takip ediliyor. Özkök paşanın, Ergenekon davasında tanık olması halinde yapacağı açıklamalar, Genelkurmay Başkanlığı'nı çok yakından etkileyecek. Eski Fazilet Partisi Milletvekili Mehmet Bekaroğlu, "Komuta kademesi bunların faaliyetlerinden ciddi bir şekilde rahatsızdı. Çünkü bunlar zaman zaman kurdukları bağlantılarla kontrolden de çıkıyorlar. Nitekim daha evvel de 2004'ten başlayarak zaten bunlar kısmen tasfiye edilmeye çalışılıyordu. Komuta kademesi, Ergenekon soruşturmasını destekliyor. Zaten başka türlü de olamazdı. Yaptıkları açıklamalar da bunu gösteriyor" dedi.