Mikroenjeksiyon genellikle erkeğe bağlı kısırlık durumlarında tercih ediliyor. Sperm sayısı, hareket veya şeklinde hafif bozukluk olan ve açıklanamayan kısırlık durumunda mikroenjeksiyon uygulanıyor. Tüp bebek ve mikroenjeksiyon arasındaki tek fark döllenme şekli olup tüp bebek yönteminde spermler ve yumurtalar biraraya konularak döllenmenin kendiliğinden olması beklenirken, mikroenjeksiyon yönteminde her bir yumurtanın içine tek bir sperm mikroskopik kateterler ile enjekte ediliyor.