TÜM diğer ilaçlar ve tıbbi uygulamalar gibi grip aşısının da yan etkileri olabilir. Bunlardan en sık görüleni enjeksiyon yerinde hafif ağrıdır. İki güne dek uzayabilir, günlük aktiviteyi bozacak düzeyde değildir. Ateş, bitkinlik, kas ağrısı gibi belirtiler genellikle daha önce grip virüsüyle karşılaşmamış kişilerde, örneğin çocuklarda görülebilir. Genelde aşı enjeksiyonunu izleyen 6-12 saat içinde ortaya çıkar, en geç 1-2 gün içinde sonlanır. Split-virüs grip aşısında bu yan etkiler daha az görülmektedir. Bu yan etkilere ek olarak çok daha az görülen yan etkiler de olabilir. Grip aşısından sonra ender olarak bazı alerjik reaksiyonlar çıkabilir. Yumurta alerjisi olanlarda aşıya karşı alerjik reaksiyon gelişebilir. Bu durum, aşının saflaştırılması sırasında çok küçük miktarda da olsa kalan yumurta proteinlerine bağlanır. Yan etki olarak öne sürülen Guillian- Barre Sendromu (GBS); sinir sistemini etkileyen bir hastalık olup, kasılmalarla birlikte seyretmektedir. Grip aşılarıyla GBS oluşma riski tam olarak bilinmemektedir. Gribin kötü sonuçları dikkate alınınca, bu düşük risk göz ardı edilmektedir. Ani başlayan ateşli bir hastalığı olanlarda ise, iyileşinceye dek aşı uygulamasının ertelenmesi gereklidir. Her ülkenin kendi ulusal sağlık otoritesi, o yıl için özgül aşı virüsleri ve uygulama önerileri belirleyerek kamuoyuna bildirmelidir.
