Ameliyatsız Mikrodalga Prostat Tedavisi'nde en sık görülen yan etkiler idrarda yanma ve idrar yolu enfeksiyonudur. Kısa süreli bu durumlar ilaçlarla bertaraf edilir. Cerrahi girişimlerde görülebilen iktidarsızlık ve kuru ejakülasyon (meninin gelmemesi) çok nadirdir. Kanama ve idrar kaçırma yakınmaları görülmez. Sadece hastaların 3- 4 hafta cinsel ilişkide bulunmaması gerekir.