Şırnak'ta işlenen faili meçhul cinayetler de Ergenekon'a bağlanacak. İdil İlçesinde 3 kişi, 1989 yılında faili meçhul cinayete kurban gitti. Savcılık dönemin JİTEM Grup Komutanı Ahmet Cem Ersever ve Ergenekon sanığı emekli Albay Arif Doğan'ın da aralarında bulunduğu 4 asker ve 10 itirafçı hakkında soruşturma başlattı. Genelkurmay, sanıkların asker olması nedeniyle soruşturmaya askeri mahkemenin bakacağını bildirdi. Bunun üzerine sadece 11 itirafçı hakkında dava açıldı. Bu dava halen devam ederken, askerler hakkında dava açılmadığı ortaya çıktı. Avukat Tahir Elçi, savcı Zekeriya Öz'e suç duyurusunda bulundu. Öz de soruşturma dosyasını incelemeye aldı.