Son olarak Demokrat Parti Genel Başkanı olan ve ardından siyaseti bırakan Ağar'ın dosyası, yargı organları arasında gidip geldi. Önce Emniyet Genel Müdürlüğü ve Valilik yaptığı için nerede yargılanacağı tartışması başladı. Ardından Milletvekili ve Bakan olarak dokunulmazlık zırhına girdi. Bir dönem daha milletvekili seçildi ve dokunulmazlığı sürdü. Ancak 22 Temmuz 2007 seçimlerinde Meclis'e giremeyince dokunulmazlığı kalmadı. Danıştay, önce, eski Vali olması nedeniyle Yargıtay'da yargılanmasına hükmetti. Ancak Yargıtay 8. Ceza Dairesi, davanın Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülmesine karar verdi.