* Gözaltına alınan adli tıp uzmanlarının, bazı adli olaylarla ilgili belgeler ve bulgular üzerinde oynadıkları, delilleri kararttıkları ileri sürülüyor. Bu dosyalardan ikisinin Üzeyir Garih ve Necip Haplemitoğlu cinayetleri olduğu belirtiliyor.
* Eski Organize Suçlarla Şube Müdürü Serdar Saçan'ın Tuncay Güney'in ifadelerinde yer alan 2001 yılında başlatılan Ergenekon Soruşturması'nı örtbas ettiği iddia ediliyor. Saçan'ın ayrıca Tuncay Güney'in evinden kaybolduğunu ileri sürdüğü 6 çuvaldan ikisini yok ettiği de iddialar arasında.
* Ankara'da gözaltına alınan emekli Albay Tanju Güvendiren'in bazı davaları nüfusunu kullanarak kapattırdığı ya da zaman aşımına bıraktırdığı iddia ediliyor. Ayrıca eski Ankara DGM Başsavcısı Nuh Mete Yüksel'in bir kadınla görüntüsünü çekip, ardından bunu kullanarak bazı davaların kapanmasını sağladığı da öne sürülüyor. Emekli albayın Sudi Özkan ile yakın diyalog halinde olduğu da iddialar arasında.
* Gazeteci Tuncay Özkan ve grubu, Ergenekon terör örgütünün medya ayağını oluşturarak, kara propaganda ve dezenformasyon yapmakla suçlanıyor.
* Çapan, Saçan, Özkan ile Güvendiren, Ergenekon Örgütü üyesi olmakla da suçlanıyor.