Yine isimlerin ve kuruluşların adlarının kapatıldığı şemada, Ergenekon örgütünün nihai hedefi de yer alıyor. Buna göre örgüt, "Atatürk'ün başlattığı Kuvayi Milliye hareketini yükselterek, ikinci Kuvayi Milliye hareketi başlatmak", "Altı Oku çağa göre yeniden yorumlayıp yapılandırmak" ve "Kemalizmi ve sosyalizmi kaynaştırmak" istiyor.