Ergenekon iddianamesinde, örgütün Türkiye'de kaos ortamı yaratmak için dini, etnik ve şok yaratacak isimlere de suikastler düzenlemek için hazırlık yaptığı iddia edildi. Örgüt, Türk-Kürt çatışmasının yaratılması için DTP Genel Başkanı Ahmet Türk, Osman Baydemir ve Sebahat Tuncel'i suikast listesine aldı. Ancak örgütün bu kişilere yönelik düzenleyeceği suikastleri gerçekleştirmesi için talimat verdiği sabıkalı ve hakkında yakalanma emri bulunan tetikçilerin güvenlik güçlerine yakalanması üzerine planlar suya düştü. Ergenekon'un Fener Patriği Bartholomeos, Ermeni Patriği Mutafyan ve İshak Alaton'a da şok suikastler düzenleneceği öne sürüldü. Terör örgütünün diğer hedefinde olan isimler ise Nobel ödüllü yazar Orhan Pamuk ve ünlü gazeteci yazar Fehri Koru oldu.