Ergenekon'un 6'ıncı dalgası, aramalarla ilgili tartışmaları da gündeme getirdi. Ergenekon operasyonu ile ilgili olarak emekli komutanların gözaltına alınması sırasında TSK'ya ait orduevi ve sosyal tesislerde "polis tarafından arama yapıldığı, kapıların kırıldığı" yönündeki haberler üzerine, Genelkurmay'dan açıklama geldi. Açıklamada şöyle denildi: Aramalar, 5271 sayılı Ceza Muhakemesi Kanunu'nun 119'uncu maddesi 5'inci fıkrasındaki 'Askeri mahallerde yapılacak arama, Cumhuriyet savcısının istem ve katılımıyla askeri makamlar tarafından yerine getirilir' hükmüne istinaden yapılmıştır.