Tecrübeli ellerde yapıldığında oldukça ağrısız ve bebek için riskleri azdır. Ama bu işlemi yaptırmaya karar veren ailelerin 200'de bir oranında bebeğin kaybedilme riskinin olduğunu bilmeleri gerekir.
* Fetusun enfeksiyon kapması.
* Fetusun iğneden zarar görmesi
* Fetusun eşinin enfeksiyon kapması.
* Düşük.
* Suyun gelmesi.
* Erken doğum gibi riskleri vardır.
Amniosentez sonrası anne adayının 2-3 gün istirahat etmesi, bol su içmesi ve ilişkiden kaçınması gerekmektedir. Amniosentez dışında bebekteki kromozonal anomalileri tespit etmek için daha erken dönemlerde CUS (koryon villus biyopsi) denilen bebeğin eşinden parça alınması yöntemi ile birlikte daha geç 20 hafta üzerinde kordosentez denilen bebeğin kordonundan kan alınması işlemleri de yapılabilir.