2002 yılında öldürülen Dr. Necip Hablemitoğlu suikastının da Ergenekon örgütü tarafından gerçekleştirildiği iddia edildi. İzmir'de bir cafeye atılan el bombasıyla ölen İbrahim Çiftçi'nin, Hablemitoğlu'nun katili olduğu ileri sürüldü. Çiftçi'nin, işlediği cinayetin ardından savcılığa giderek "Örgütün isteği üzerine Hablemitoğlu'nu ben öldürdüm, ancak 2 milyon dolarımı vermediler" şeklinde ifade verdiği iddia edildi.