Endometriyozisten yani çikolata kistinden korunmak için bilinen etkili bir yol yok. Kadınların ameliyatla tedavi sonrası kistin tekrar etmesini önlemek için ilaç tedavilerini düzenli olarak uygulamaları şart. Herhangi bir nedenle 'yumurtalık kisti' ameliyatı olmuş kadınların doktorlarından kistin özellikleri hakkında bilgi isteyip, patoloji raporlarını saklamaları da çok önemli. Endometriyozis, tekrarlarla seyredebilen bir hastalık olduğundan, bu tanıyı alan ve çocuk arzusu olan kadının tedavinin tamamlanması sonrasında hemen hamile kalma girişimlerine başlaması gerekir. Çikolata kisti tedavisi sonrası kendiliğinden gebe kalmayı denemek de uygun. Ancak kendiliğinden gebe kalamayanların yardımla üreme tekniklerine zaman geçmeden hemen başvurmaları gerekir.
