Ergenekon operasyonu, sendikalar arasında da gerginliğe yol açtı. Türk Metal Sendikası'nın Genel Başkanı Mustafa Özbek'in tutuklanmasının ardından Türk-İş, hükümeti gündemi değiştirmekle suçladı. Türk-İş Genel Başkanı Mustafa Kumlu, "Sendikaları sindirmeye çalışmak, demokrasiye aykırıdır" dedi. KESK'in açıklamasında ise "Ergenekon, 6-7 Eylül 1955'den bu yana olan infazların uygulayıcısıdır" denildi.