Ergenekon'un firari şüphelisi Tuncay Güney'in, 16 Mart 2001'deki soruşturma emri, dönemin İstanbul İstihbarat Şubesi tarafından 18 Temmuz 2002'ye kadar hiç işlem yapılmadığı için DGM Başsavcılığınca kapatılmış. Dönemin DGM Başsavcısı Aykut Cengiz Engin tarafından bu soruşturma için atanan Muzaffer Yalçın, İstihbarat'tan "hiçbir delil bulunamadığı" için soruşturmayı bitirmiş.

Nafile belgeler
Ancak savcı Zekeriya Öz'ün Ergenekon'la ilgili bütün evrakları istemesi üzerine Organize Suçlar ile İstihbarat Şubesi arasında yapılan "nafile yazışmalar" dosyaya eklendi.