Genelkurmay Başkanlığı, Ergenekon soruşturmasının bazı emekli ve muvazzaf subaylara uzanmasından sonra Mayıs 2008'de başlattığı soruşturmayı derinleştirdi. Emekli Org. Tuncer Kılınç, Kemal Yavuz ve görevdeki bazı subayların gözaltına alınmalarının ardından kuvvet komutanlarını toplayan Genelkurmay Başkanı Org. İlker Başbuğ'un şu emirleri verdiği öğrenildi:

1- Hukuk dışılığa af yok:
Emir: Gözaltına alınan ve tutuklanan askerlerin dosyaları incelensin.
Önlem: Hukuk dışı işlere bulaşana tolerans gösterilmeyecek.

2- Askeri belgelere güvenlik:
Emir: Medyaya yansıyan askeri belgelerin kaynağı araştırılsın.
Önlem: Belge sızmasına karşı güvenlikli "e-yazışma" sistemi geliştirilecek.

3- Mühimmata sıkı takip:
Emir: Ele geçirilen silahların TSK'ya kayıtlı olup olmadığına bakılsın.
Önlem: Askeriyeye ait silah ve mühimmatlar için "alternatifli takip" sistemi kurulacak.