2009 yılı programının uygulanmasında, yatırımların, bütçeler ile programlarda değişiklik ve aktarma yapılmayacak şekilde gerçekleştirilmesi ve sektörler arası dengelerin bozulmaması temel ilke olarak belirlendi. Resmi Gazete'de yayımlanan Bakanlar Kurulu'nun '2009 Yılı Programının Uygulanması, Koordinasyonu ve İzlenmesine Dair Karar'ı ile, 2009 Yılı Yatırım Programı'nda yer almayan herhangi bir proje için harcama yapılamayacağı ve proje ödeneklerinin yatırım ile ilgili olmayan amaçlar için kullanılamayacağı karara bağlandı.