Cumhurbaşkanı Gül, Başbakan'ın önerisi üzerine TÜBİTAK Başkanlığına Prof. Nüket Yetiş'i atadı. Gül'ün onayından geçen TÜBİTAK Kanunu, Başkan ve Bilim Kurulu üyelerinin çoğunluğunu Başbakan'ın önermesinin yolunu açmıştı. Hükümet, 2003'te de benzer düzenlemeyle Yetiş'i Başkanlığa getirmek istemiş, dönemin Cumhurbaşkanı Sezer, "Başbakan'a atama yetkisi veren" düzenlemeyi iptal etmişti.