Ergenekon operasyonu iddianamesinde Namık Kemal Üniversitesi'ne yönelik bazı iddialar da bulunuyor. İddianamede öğretim görevlisi İbrahim Uzun'un, Ergenekon sanığı Erkut Ersoy ile yaptığı telefon görüşmeleri bulunuyor. Bu telefon görüşmelerinde Uzun'un Ersoy'a üniversitenin rektörü Prof. Dr. Nizamettin Şenköylü hakında bilgiler verdiği ortaya çıktı. Yaptığı görüşmelerde üniversite rektörünü fişleyen öğretim görevlisi hakkında soruşturma başlatıldı.