Ergenekon davasında 86 sanık hakkında hazırlanan iddianamenin 441 klasörden oluşan ve 3 DVD'ye aktarılan eklerinde, sanıkların ifadeleri ve telefon görüşmelerin yanı sıra öldürülen Rahip Santoro, Hrant Dink ve İhsan Güven cinayetlerine ait evrak da yer aldı. Klasörlerde, Susurluk ve Diyarbakır'daki patlamaya ilişkin dava dosyası, Danıştay saldırısı dosyası ve Hablemitoğlu cinayetine ait dosyalar da deliller arasında bulunuyor.