2 bin 455 sayfalık Ergenekon iddianamesi, kendi içinde önemli çelişkiler barındırıyor. Bir yandan İlhan Selçuk, örgütün yöneticisi olarak gösterilirken, diğer yandan gazetenin satın alınması sürecinde devre dışı bırakılmaya çalışıldığı öne sürülüyor. Örgütün üst düzey yöneticisi olduğu iddiasıyla tutuklanan emekli Orgeneral Şener Eruygur da, örgütün öldürülecekler listesinde yer alarak başka bir çelişkili durumu ortaya çıkartıyor. Danıştay saldırganı Alpaslan Aslan'ı, Veli Küçük'ün azmettirdiği ileri sürülürken Aslan, Ergenekon davası sanıkları arasında yer almıyor.