Ergenekon iddianamesinde Trabzon'daki rahip Santoro cinayeti, Agos Genel Yayın Yönetmeni Hrant Dink cinayeti ile Malatya'da 4 kişinin öldürüldüğü Zirve Yayınevi cinayeti ve eski YÖK Başkanı Prof. Dr. Erdoğan Teziç'e yönelik suikast girişimi de örgütün gerçekleştirdiği eylemler arasında sayıldı. Ancak Ergenekon'un çok gizli ve hücre şeklinde örgütlenmesi nedeniyle yakalanan faillerden daha öteye gidilemedi. İddianamede yapılan saldırılarda laik-antilaik çatışmasının tetiklenmesine çalışılarak, askeri müdahale için gerekli ortamın hazırlanmasının amaçlandığı değerlendirmesi yapıldı.