Ergenekon operasyonunda el altından medyaya bilgi sızdıran kişilerin, Adalet Bakanlığı'nın kullandığı Ulusal Yargı Ağı Projesine (UYAP) girme yetkisi bulunan bakanlık personeli arasında bulunduğu iddia edildi. Öte yandan Ergenekon soruşturmasını yürüten İstanbul Adliyesi'nde, gazetecilerin katlara çıkması ve savcılarla konuşması yasaklandı.