HPV enfeksiyonunun tedavisinde temel prensip, nüksleri en aza indirmek için kitlelerin mümkün olduğunca temizlenmesidir. Lezyonların boyutu, şekilleri, sayısı gibi etkenlere bağlı olarak çeşitli tedavi seçeneklerinden biri seçilebilir. Tedavi yöntemine bağlı olmaksızın 4 hastadan 1'inde siğiller 3 ay içerisinde yineleyebilmektedir. Bazı kişilerde, siğil ortaya çıkıp tedavi edildikten sonra bir daha ömrü boyunca yeni siğil çıkmaz. Bazı kişilerde ise sık aralıklarla siğiller çıkar. Kişiler arasında bu derece fark olmasının nedeni, büyük olasılıkla bağışıklık sistemleri arasındaki farklılıktır.

3 ayda geçmezse
Hastaların yaklaşık yüzde 20-30'unda siğiller 3 ay içinde kendiliğinden kaybolabilir. Genital siğiller yakılarak ya da dondurularak tedavi edilir. Çok büyük boyuttaki siğillerin ise cerrahi olarak çıkartılması gerekebilir. HPV enfeksiyonu taşıyan bir kişiyle ilişkide bulunmak da mutlaka o kişide de enfeksiyon ortaya çıkacak anlamına gelmez. Burada kişinin bağışıklık sistemi çok büyük önem taşır. Kişiler arası farklılıklar nedeniYLE, bazı kişilerde bağışıklık sistemi virüsle mücadele edebilir ve rahatlıkla ortadan kaldırabilir. Bazı çalışmalar, yeşil lifli sebzelerle alınan yeterli folik asidin (400 mg) HPV'den korunma konusunda faydalı olabileceğini göstermiştir.

Aşı için çalışılıyor
Şu anda araştırmacılar HPV için 2 tip aşı geliştirmek için çalışmaktadır. Birinci tip aşı "proflaktik" (koruyucu, önleyici) aşıları içerir ve HPV kapılmadan veya kapıldıktan hemen sora kişilerin immün sistemlerinin harekete geçirilerek kanser oluşturmasını önlemeyi hedefleyen aşılardır. İkinci tip aşı ise kanser veya kansere meyilli bir durum ortaya çıktığında kişiyi tedavi etmek için verilen "terapotik" (tedavi edici) aşılardır. Koruyucu tipteki aşılar kullanılmaya başlasan da aşılar üzerindeki araştırmalar devam etmektedir.