Atatürkçü Düşünce Derneği'nin 2003 yılında düzenlediği "Cumhuriyet'e Saygı Yürüyüşü"nde "Ordu Göreve" pankartının açılmasıyla ilgili olarak, Ergenekon soruşturması kapsamında inceleme başlatıldı. İstanbul Cumhuriyet Savcısı Mehmet Ali Pekgüzel, Ankara Emniyet Müdürlüğü'ne gönderilen yazıda,72 üniversitenin rektör, öğretim üyesi veöğrenci temsilcilerinin katıldığı mitingle ilgili tüm bilgi, belge ve kayıtların İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderilmesini istedi.