Fenerbahçe Yönetimi'nin, İtalya ile yapılan özel milli maçta sakatlanan Rüştü'ye tazminat ödenmesiyle ilgili olarak Futbol Federasyonu'na yaptığı başvuru reddedildi. Ayrıca Fortis Türkiye Kupası maç tarihlerinde değişikliğe gidildi..
Fener'in talebine red Trabzon'da toplanan Futbol Federasyonu Yönetim Kurulu, Fenerbahçe Kulübü'nün, Rüştü ile ilgili olarak yaptığı başvuruyu kabul etmedi. 15 Kasım 2006 tarihinde oynanan İtalya-Türkiye özel milli maçında sakatlanan Rüştü Reçber'in kulüp ile olan sözleşmesinde yazılı ücretlerin, sakatlığı süresince Futbol Federasyonu tarafından ödenmesine ilişkin F.Bahçe'nin talebi, federasyon tarafından reddedildi.
Kupa finali 9 Mayıs'ta Futbol Federasyonu Yönetim Kurulu ayrıca sezon başında, 28 Şubat'ta oynanacağı açıklanan yarı final ilk maçlarının, kupadaki tarih kaydırması nedeniyle 4 Nisan'da yapılacağı kararını aldı. Federasyon kupadaki rövanş maçlarının 18 Nisan'da, finalin ise 9 Mayıs'ta oynanacağına karar verdi. Bu arada İnter Toto Kupası'na, UEFA Kupası'na katılacak takımı takip eden kulübün katılması zorunluluğu getirildi.